Consegue il diploma di Flauto nel 1980. Dal 1982 al 1989 collabora come flautista dell'Ente Lirico Arena di Verona. Dopo varie esperienze con formazioni cameristiche, nel 1989 è flautista e ispiratore di Ricerca Contemporanea, gruppo dedito allo studio degli autori del '900. Da molto tempo utilizza la respirazione circolare. Dal 1990 è flautista delle Abendmusiken e dell'Orchestra del Duomo di Verona. Ha collaborato come flautista nell'orchestra I Virtuosi Italiani di Verona. Ha al suo attivo numerose esecuzioni in prima assoluta in Italia e all'estero.
Dal 1985 collabora come flautista e solista dell'Orchestra da Camera Città di Verona con la quale nel 2002 incide il Concertino per flauto e orchestra e il Doppio concerto per flauto ed oboe di Salieri per l'Associazione Legnago 1750 Antonio Salieri. Da agosto del 2009 partecipa alle repliche dello spettacolo teatrale-musicale ''Romeo, Giulietta e i motivi dell'amore'', in prima nazionale a Corte Mercato Vecchio di Verona, una produzione nata dalla collaborazione tra l'Orchestra Harmonie e il Teatro Impiria. Ha partecipato all'incisione del CD intitolato Buon Natale e tanta ... Harmonie (OFH, settembre 2009), con l'Orchestra Harmonie.
E' stato insegnante dei corsi di flauto della Scuola Diocesana di Musica Sacra Santa Cecilia, a Verona, ed ora insegna nella Scuola Secondaria di I Grado di Mozzecane (VR).
A settembre del 2010 Stefano Zanon si è esibito insieme all'Orchestra Harmonie sul prestigioso palcoscenico del Teatro ''G. Rossini'' di Pesaro nella serata di apertura del 63° Festival Nazionale d'Arte Drammatica. L'opera rappresentata, Romeo, Giulietta e i motivi dell'amore, è stata ammessa 'fuori concorso' tra i migliori spettacoli realizzati quest'anno in Italia.
Nel periodo ottobre-novembre 2010 Stefano Zanon è stato impegnato nella registrazione del CD intitolato Omaggio a Rossini (OFH, novembre 2010) dell'Orchestra Harmonie. La raccolta comprende le ouvertures delle opere Il Barbiere di Siviglia, La Gazza Ladra, L'Italiana in Algeri, Semiramide e le Variazioni per Clarinetto e Orchestra.
La prima collaborazione di Stefano Zanon con l'Orchestra Harmonie risale a novembre del 2007.